期刊介绍
期刊导读
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基于临床指南的糖尿病本体构建及语义检索模型(2)
3.2 复用现有本体
能够减少一些重复性的工作,加强词表的重用性,在这一步中需要搜集和查阅大量糖尿病相关的词表或文献。本研究主要参考的资料有一体化医学语言系统UMLS、中英文医学主题词表MeSH/CMeSH、国际疾病编码系统ICD-10。这些词表虽然都只提供一些相对分散的糖尿病知识框架,各概念术语间的关系也不是很清晰,并不能直接作为构建标准使用,但其具有很好的参考价值,对于后续工作的开展有所帮助。
3.3 列出重要知识术语
前期需要先构建出糖尿病的顶层本体知识框架。通过对《中国2型糖尿病防治指南(2013年版)》内容进行梳理,可将糖尿病知识本体分为诊断、分型、检查、治疗、并发症、特殊人群及患者等7大类内容,其涉及到的主要概念,见表1,类的概念层次结构,见图1。
表1 糖尿病临床指南中的主要概念1级概念2级概念3级概念糖尿病诊断静脉血浆葡萄糖水平(1)典型糖尿病症状(多饮、多尿、多食、体重下降)加上随机血糖检测≥11.1mmol/L(2)或加上FPG检测≥7.0mmol/L(3)或加上葡萄糖负荷后2小时血糖检测≥11.1mmol/L糖尿病分型按病因学证据1型糖尿病2型糖尿病妊娠期糖尿病(GDM)其他特殊类型糖尿病检查病史家族史、病程、既往史、饮食、运动、营养状况等体格检查身高、体重、BMI、腰围、血压、皮肤检查、足部检查等化验检查空腹血糖、餐后血糖、HbA1c、总胆固醇、甘油三酯、LDL-C、HDL-C、尿常规、肝功能、肾功能特殊检查眼底检查、心电图、神经病变相关检查、尿白蛋白和尿肌酐治疗药物治疗口服降糖药:磺脲类、格列奈类、DPP-4 抑制剂、双胍类、TZDs、α- 糖苷酶抑制剂皮下注射:GLP-1 受体激动剂(艾塞那肽、利拉鲁肽)皮下注射:胰岛素运动治疗≥150分钟中等强度的有氧运动/周、2次抗阻运动/周医学营养治疗均衡营养素结构:脂肪、碳水化合物、蛋白质等戒烟-减重手术治疗腹腔镜袖状胃切除术(LSG)(肥胖伴2型糖尿病)胃旁路术(RYGB)腹腔镜下可调节胃束带术(LAGB)胆胰旁路术(BPD)并发症急性并发症糖尿病酮症酸中毒(DKA)高血糖高渗综合征(HHS)糖尿病乳酸性酸中毒慢性并发症糖尿病慢性肾脏疾病糖尿病视网膜病变糖尿病神经病变下肢血管病变糖尿病足病糖尿病的特殊人群妊娠糖尿病-儿童和青少年糖尿病-老年糖尿病-糖尿病与阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征 (OSAHS)共患疾病围术期糖尿病管理糖尿病大血管并发症、微血管并发症糖尿病与口腔疾病口腔黏膜病变、龋齿、牙龈炎和牙周炎等糖皮质激素与糖尿病库欣综合征、外源性(激素治疗)糖皮质激素增多抑郁症相互影响精神疾病、人类免疫缺陷病毒/艾滋病(HIV/AIDS)和糖尿病诱发或加重糖尿病患者基本信息患者ID、性别、年龄、症状等
图1 糖尿病临床指南本体的类的概念层次结构
3.4 定义类及属性关系
在明确糖尿病本体的核心概念和基本层次结构后需定义糖尿病的类及属性关系,包括对象属性和数据属性,对象属性描述的是两个不同概念间的关系,数据属性描述的是类与数据类型之间的关系。如糖尿病的分型(患者的诊断结果)和治疗(患者的治疗方法)是对象属性,患者的年龄和性别是数据属性。部分属性,见表2。
表2 糖尿病临床指南本体的部分属性属性名称属性类型描述糖尿病分类对象患者和糖尿病分型的关系糖尿病治疗对象患者采用哪种治疗方法化验检查对象HbA1c、总胆固醇、甘油三酯、 LDL-C、尿常规、肝功能等指标眼底检查对象患者的视力及眼底情况心电图对象患者的心电图检查结果糖尿病史数据患者是否有糖尿病患病史身高数据患者的身高值体重数据患者的体重值年龄数据患者的年龄性别数据患者的性别
3.5 创建实例
在确定糖尿病本体的类和属性关系后可以进行本体的实例化。实例是对类进行具体的赋值,使实例具有相应的属性值,从而展示出相应的语义关系。糖尿病临床指南中包含大量的实例,依据指南内容对本体进行实例化。实例化可以通过手工录入、机器导入和人工语义标注等方法实现,本研究通过Protégé的手工录入窗口在Individuals中录入相应的实例。将创建的实例进行保存,为后续检索使用。
3.6 本体检验与评价
领域本体知识内容既复杂又繁多,因此需要进行检验来确保所构建的本体具有合理性,Protégé中自带推理机功能,点击“Reasoner”下的“Start reasoner”即可对构建的本体进行检测,经检测所构建的本体是合理的。对糖尿病本体进行检验后还需进行评价,通过评价对本体进行完善与修改,评价与本体构建的其他环节是一个多次迭代的过程。由于糖尿病临床指南的知识不断更新、丰富完善,对其本体的建设在稳定性和精确性的前提下要具有动态性。此外糖尿病本体库为医生和患者所使用,因此通过专家意见进行评价更为可行。糖尿病领域本体进化及更新的内容包括以下方面:(1)概念进化。包括对本体概念的增加、删除、范畴调整。(2)概念间关系进化。包括在现有概念间建立新关系、现有关系的调整等。(3)概念实例的进化。增加或删除实例等。
文章来源:《糖尿病新世界》 网址: http://www.tnbxsj.cn/qikandaodu/2020/0814/426.html
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